به هر حال، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه سلام الله علیها بیمار شدند و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسید: از این شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببرید، زیرا از پدرم شنیدم که مى‌فرمود: شهر قم مرکز شیعیان ما است. بزرگان شهر قم وقتى از این خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند؛ و در حالى که «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى‌کشید و عده فراوانى از مردم پیاده و سواره گرداگرد کجاوه حضرت در حرکت بودند، حدوداً در روز 23 ربیع الاول سال 201 هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى که امروز «میدان میر» نامیده مى‌شود شتر آن حضرت در مقابل در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار میزبانى حضرت نصیب او شد.

آن بزرگوار به مدت 17 روز در این شهر زندگى کرد و در این مدت مشغول عبادت و راز و نیاز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه سِتّیه به نام «بیت النور» هم اکنون محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است.

سرانجام در روز دهم ربیع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال 201 هجرى پیش از آن که دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فرو بست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند. مردم قم با تجلیل فراوان پیکر پاکش را به سوى محل فعلى که در آن روز بیرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشییع نمودند. همین که قبر مهیا شد در این که چه کسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشکل شدند، که ناگاه دو تن سواره که نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پیدا شدند و به سرعت نزدیک آمدند و پس از خواندن نماز یکى از آن دو وارد قبر شد و دیگرى جسد پاک و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاک نهان سازد.

آن دو نفر پس از پایان مراسم بدون آن که با کسى سخن بگویند بر اسب‌هاى خود سوار و از محل دور شدند.

بنا به گفته بعضی از علما به نظر مى‌رسد که آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا و امام جواد علیهماالسلام باشند چرا که معمولاً مراسم دفن بزرگان دین با حضور اولیاء الهی انجام شده است.

پس از دفن حضرت معصومه سلام الله علیها موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا این که حضرت زینب فرزند امام جواد علیه السلام به سال 256 هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد و بدین سان تربت پاک آن بانوى بزرگوار اسلام قبله‌گاه قلوب ارادتمندان به اهل‌بیت علیهم السلام و دارالشفای دلسوختگان عاشق ولایت و امامت شد.